Набережная получила свое название 17 декабря 1898 года, будучи выделенной из Арсенальной набережной. Одновременно была наименована и соседняя Боткинская улица; таким образом, в год столетия Военно-медицинской академии увековечили двух самых выдающихся ее хирургов, как сказано в решении городской думы, «знаменитых… тружеников-врачей Боткина и Пирогова». Тогда набережная проходила только вдоль здания академии, от Литейного моста1. Инженерное сооружение перекинутое через препятствие (река, овраг, дорога). Состоит из опор и пролетов. Промежуточные опоры называются быками, крайние – устоями. 2. В деревянном зодчестве – перекрытие, пол деревянного рубленного строения. до Большого Сампсониевского проспекта. Дальше, между Большим Сампсониевским и Финляндским проспектами, в 1896 году был открыт Пироговский музей; здание было специально перестроено для него архитектором Виктором Шретером и уничтожено в середине 1960-х годов при строительстве гостиницы «Ленинград», хотя вовсе не мешало возведению гостиничного здания.

Участок вдоль музея был включен в состав набережной в 1950-е годы. 28 мая 1979 года Пироговская набережная вошла в состав Выборгской, а 22 сентября 1989-го была выделена вновь, но в нее включили и следующий участок – от Финляндского до Малого Сампсониевского проспекта. До 16 апреля 1887 года он входил в Выборгскую набережную, затем ему было присвоено отдельное название – Сампсониевская набережная, а 1 сентября 1923 года ее переименовали в набережную Фокина, в честь организатора молодежного движения Выборгской стороны Николая Фокина (1903-1923). В 1979 году набережная Фокина вновь оказалась в составе Выборгской, а в честь Н. С. Фокина назвали выходящую к ней улицу, бывший Батальонный переулок. Сейчас эта набережная по-прежнему представляет собой часть Пироговской; последняя ныне идет от улицы Академика Лебедева до Малого Сампсониевского проспекта. Тем не менее, дома № 25 и 27 между улицей Фокина и Малым Сампсониевским проспектом доныне сохраняют нумерацию по Выборгской набережной.