Небольшой проезд, расположенный между Греческим проспектом и одноименной площадьюАрхитектурно организованная, незастроенная часть территории населенного пункта, органично включенная в уличную сеть., 16 апреля 1887 года стал называться Прудковским переулком.

Его наименование произошло от названия местности Прудки, которое, в свою очередь, напоминало о том, что на месте современного Некрасовского сада (он же сад «Прудки») существовал искусственный Лигов-ский бассейн. В первой четверти XVIII столетия для питания фонтанов Летнего сада был прорыт Лиговский канал, который начинался у реки Лиги (Дудергофки) и шел до Лиговского бассейна. После наводнения 1777 года система подачи воды в Летний сад была нарушена и более не возобновлялась. О ней напоминают лишь названия Лиговского проспекта, проходящего на месте засыпанного Лиговского канала, Фонтанной улицы, Озерного и Прудковского переулков.