Первоначальное название этого переулка в Невском районе – Школьный. Оно известно с 1912 года. В 1917-1925 годах параллельно существовало наименование Патриотический переулок. Первоначально он проходил от Шлиссельбургского (проспект Обуховской Обороны) до Прямого проспекта, а в 1917-м его продлили до нынешней улицы Бабушкина.

Оба имени переулка связаныДеревянные, металлические или железобетонные элементы, стягивающие пяты арок, сводов и др. строительных конструкций, в которых возникают распорные усилия. Гасят распор, передающийся на столбы и стены сооружения. с располагавшейся на нем школой Женского патриотического института. Этот дом № 4/1 на углу Прямого проспекта (официальный адрес – улица Бабушкина, 42, корпус 4) сохранился до нашего времени.

23 июля 1939 года переулок получил имя унтер-офицера Черноморского флота, одного из руководителей восстания на броненосце «Потемкин», Афанасия Николаевича Матюшенко (1878-1907).

Вместе с Георгием Вакуленчуком и другими революционно настроенными матросами в июне 1905 года он поднял на корабле восстание. Под красным флагом они пришли в Одессу, однако команды других кораблей к ним не примкнули. «Потемкин», на борту которого не было ни продовольственных запасов, ни запасов угля, ушел в порт Констанцу, где был вынужден сдаться румынским властям.

Часть матросов, возвратившихся в Россию, была предана суду, по приговору которого провинившихся приговаривали к смертной казни либо отправляли на каторгу. Афанасий Матюшенко, как один из зачинщиков восстания, был казнен 20 октября 1907 года.

В 1950-е годы переулок пересек улицу Бабушкина и дошел до безымянного проезда, который лишь в 1998 году стал называться Сомовым переулком.